超算中心centos全程非root权限安装matlab2018

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1 首先下载matlab linux版。网盘下载比较慢，恶心的不行。这里有matlab2018的种子，需要将txt后缀改成torrent

链接: https://pan.baidu.com/s/1x21v5IDxzgOsGvIkZlpTeQ 密码: bp5g

2 上传iso文件和破解文件

解压iso文件。这里用到xorriso 这个工具，可以在非root用户下安装。

    • xorriso下载地址https://www.gnu.org/software/xorriso/#download
    • 上传xorriso，解压文件 
      tar zxvf xorriso-1.4.6.tar.gz
cd xorriso-1.4.6
        <pre>用户目录下新建一个<code>app/xorriso</code>文件夹</pre>
  
  <pre class="EnlighterJSRAW" data-enlighter-language="null">./configure --prefix=/gpfs/home/user/app/xorriso

      make make install

        <pre>xorriso完成安装，添加到环境变量以便调用。超算中心是Centos，默认profile是.bash_profile，如果是debian系列，如ubuntu，替换为.bashrc

      vim ~/.bash_profile

        <pre>添加 <code class="EnlighterJSRAW" data-enlighter-language="null">export PATH="/gpfs/home/user/app/xorriso/bin:$PATH"</code></pre>
  
  <pre>退出，让文件生效

      source ~/.bash_profile debians系列（Ubuntu）是source ~/.bashrc

        <pre>，以下同理</pre>
</li>
    • 新建matlab/matlab1和matlab/matlab2文件夹，将文件解压进来 
    • cd 
mkdir matlab
cd matlab 
mkdir matlab1
cd ../
mkdir matlab2
cd
xorriso -osirrox on -indev R2018a_glnxa64_dvd1.iso -extract / /gpfs/home/user/matlab/matlab1
xorriso -osirrox on -indev R2018a_glnxa64_dvd2.iso -extract / /gpfs/home/user/matlab/matlab2
    将两个文件夹中的文件合并
    mkdir /gpfs/home/user/matlab/matlab
cp -frap /gpfs/home/user/matlab/matlab1/* /gpfs/home/user/matlab/matlab
chmod -R 777 /gpfs/home/user/matlab/matlab
cp -frap /gpfs/home/user/matlab/matlab2/* /gpfs/home/user/matlab/matlab

    3 安装Java的开发环境jdk

    下载地址： http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html 下载tar包的jdk文件，直接将tar包上传至服务器

    解压

    tar  -zxvf jdk-8u91-linux-x64.tar.gz

    配置jdk环境变量

    vim ~/.bash_profile

# User specific aliases and functions

export JAVA_HOME="/.../java/jdk1.8.0_101"   #(此处为tar 解压时jdk的路径)
export JAVA_BIN="$JAVA_HOME/bin"
export JAVA_LIB="$JAVA_HOME/lib"
export CLASSPATH=".:$JAVA_LIB/tools.jar:$JAVA_LIB/dt.jar"
export PATH="$JAVA_BIN:$PATH"  #将上述红色命令添加到文件最后）

    使jdk环境变量生效

    source ~/.bash_profile

    检查jdk是否生效         java -version

    4 开始安装matlab

    进入合并后的matlab文件夹，编辑activate.ini文件

    isSilent=true //开启silent模式 
activateCommand=activateOffline //设置激活方式, 离线激活 
licenseFile=/path/license.lic //Crack文件夹里license文件位置
    保存退出。开始安装
    ./install -mode silent -agreeToLicense yes -fileInstallationKey 09806-07443-53955-64350-21751-41297  -destinationFolder /gpfs/home/user/app/matlab
    如果报错chmod -R 777 matlab更新一下matlab文件夹权限

    安装完成后别急着运行，还要激活一下。将Crack文件夹里的bin目录中的.so文件替换到/gpfs/home/user/app/matlab/bin

    目录对应位置。

    mv -f /gpfs/home/user/matlab/Crack/R2018a/bin/glnxa64/matlab_startup_plugins/lmgrimpl/libmwlmgrimpl.so /gpfs/home/user/app/matlab/bin/glnxa64/matlab_startup_plugins/lmgrimpl

    然后开始激活

    sh /gpfs/home/user/app/matlab/bin/activate_matlab.sh -propertiesFile /gpfs/home/user/matlab/matlab/activate.ini

    安装激活完成

    再将matlab设置为环境变量

    vim ~/.bash_profile
export PATH="/gpfs/home/user/app/matlab/bin:$PATH"

    执行命令

    bsub -n 28,56 -o %J.out -e %J.err matlab -nodesktop -nosplash -r "mScriptWithoutSuffix"
bsub是提交任务指令 -n是指定核数28-56核 -e是输出错误文件， -o是输出文件，matlab -nodesktop -nosplash是非界面运行 -r是运行指定脚本文件。需要注意的是要cd切换到脚本文件所在文件夹，脚本文件不能加.m后缀。

    See Also